第二个原因嘛，就是制度上的原因，总督往往因事而置事毕则罢。总督的官阶高，一般由兵部尚书或侍郎督理，故权力大而所辖地广，但不如巡抚有稳定的辖区。而巡抚加副都御史衔，地位不如总督，但对所辖地区的管理却相对稳定，即便是总督，也不能够侵其权。按照朝廷规定，无事则总督不得侵巡抚之权，有事则巡抚不得抗总督之命。
而巡按御史是以布政使司为辖区进行巡视的，所以天然和巡抚之间的冲突大，而和总督之间的冲突小，再加上两者地位悬殊，巡按御史也不会轻易自找没趣的。
巡抚与巡按原本职责有分，巡按之职是：“振举纲纪，察举奸弊，摘发幽隐，绳纠贪残，如疾风迅雷，一过而不留者。”。这是因为巡按是从监察御史选派的外差，在所属布政司巡按一年，即回都察院待差，主要监察为主。强调对于地方官吏的监察巡视。
而巡抚之职是：“措处钱粮，调停赋役，整饬武备，抚安军民，如高山大河，奠润一方而无壅者”。这是因为巡抚是朝廷派出的专任钦差，有一定时任期，而现在巡抚久任的呼声甚高，其主要职责在于管理地方。也就是说，巡抚是行政官员，巡按是监察官员，原本区分明显。
但是现在的问题是巡按现在是越发的乖张了，动辄侵夺地方行政权力，巡抚和巡按之间经常互相攻讦，巡抚们认为：“巡按往往舍其本职，而侵越巡抚之事，违道以干誉，狗情以养交。”
而巡按们认为，自己乃是朝廷钦差，有耳目之重，对于地方行政理所应当的要插上一手，所以使得抚按之争极为严重。
这并不能够乖总督、巡抚、巡按职责不明确，因为朝廷根本就没有明确他们的职掌，因为地方事务，总是强调“合督、抚、按严行查议，凡病于农民，而惠贪滑者，悉厘正焉”，在朝廷的心目中，依然将巡按、巡抚、总督，一样视为地方大员。
而有了朝廷的撑腰，这些巡按们在地方更是趾高气昂，和巡抚出言顶撞，干涉地方行政，都是常有的事情，而头痛的就是地方州县官员了，因为不管是巡抚还是巡按，都不是他们这些地方官员能够得罪的起的，总督太远，一般是不会管这些破事的，但是受夹板气的就是这些地方官员们的。
一旦抚按相争，州县官员往往就成为池鱼，作为地方官员及官绅地主基层，釆取极端手段进行抗争者微乎其微，而拜倒在抚按之下，以柔媚阿谀，奉承取宠的方式希望得到权力的支持，或不能够抗争而投劾而去，消极躲避者，却大有人在。
这样使得大明的地方始终处在一个政策不稳定的情况下，这对于朝廷的行政来说绝对不是好事。