不过太子也是要安抚的，朱载坖对太子说道：“你也不必担心，留待你做皇帝的时候再用他吧！”
太子赶紧拜谢，朱载坖这话的意思是很明确了，就是不会下重手了，那太子的目的就达到了，朱载坖的御批到了内阁之后，内阁辅臣们都明白了朱载坖的意思，这次必然是要有人被重处了，李廷机很明显就是被拉出来的那只鸡了，所以王锡爵也赶紧拟票，要求严查此案。
朱载坖也御批要求都察院派遣钦差，查察此事，同时提李廷机于都察院狱中暂押候审。
除了李廷机一案之外，山西户部司官案，也是现在比较重要的事情，和李廷机案的大张旗鼓不同，此案朱载坖采取了秘密查察的方式，遣成国公、锦衣亲军都指挥同知朱应桢加军机大臣衔，巡视山西边防、整饬兵备，赐天子剑许便宜行事。
朱载坖派遣成国公朱应桢出巡，明里是整饬兵备，实则是查察要案，因为山西户部司官案，所牵涉的官员众多，而且对于朝廷来说，山西有大量的军储仓库，朝廷必须要小心谨慎，防范他们狗急跳墙，所以朱载坖派遣朱应桢先密查之后再再做决断。
在这些时间里，朱载坖主要是和内阁商量规范抚按官制度，这也是大明地方官制中的一大弊端，大明原本在地方实施的是三司分治制度，也就是布政使司、按察使司和都指挥使使司分掌民政、刑名、军事的制度。但是很快朝廷就发现，地方政务需要有一定的集中处理权，完全撤销省级行政部门和职官，并不符合政务的需要。但是当这些官员拥有总管一方的权力以后，又会导致主官权力膨胀，形成藩镇，乃至于失控。
所以朝廷实施巡抚与巡按并列的制度，也寓意有相互监督，而本朝的抚、按之争，成为地方政治特色，也导致地方行政不能够统一，通过这种方式，达到控制地方，防止出现藩镇的作用。
但是朱载坖很清楚，现在这种体制的弊端是越来越严重了，抚按之间动辄争执，朝廷疲于调停，而巡按参与政务，使得巡抚无法独立行政，这也使得朝廷的政策在落实上要打折扣，现在巡按权力过重，对于朝廷来说绝非好事。
巡按御史原本是都察院派遣出巡地方的监察御史，属于都察院各道御史的外差之一，但是其代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断，使得巡按御史的权力极重。
论品级，巡按御史不过正七品，与知县级别相同。但由于其任纪纲之职，受耳目之寄，纠劾百僚，肃清庶政。巡按一方，则御史朝廷所差，序于三司之上，这就使得巡按御史礼仪既隆，其位也尊，其权更大。有了可以干涉地方行政的资本。