而且在官场上，由于申时行等人担任首辅或者是吏部要职，使得在在官员的任命上也是不可避免的倾向于南直出身的官员，而在赵志皋署吏部事之后，原本浙江官员们认为自己好不容易能够出头了，但是实际上远不是如此，由于赵志皋性格比较温和，申时行和王锡爵又都是比较强势的阁臣，反而出现内阁力压吏部的情况，这就使得浙江官员不能忍受的。
这次借由京察大计，在沈一贯的暗中操作下，浙江官员们主动挑事，想要扳倒申时行，申时行对于这些事情自然是很清楚的，这次沈一贯在背后搞得这些小动作，申时行怎么会知道，但是申时行选择充耳不闻，原因主要有两个，第一就是申时行很清楚朱载坖发起这次京察大计的目的，不是让官员们斗争的，而是为了权力交接所做的准备。
这下中下级官员不谙事体，上疏搞事情朱载坖未必会计较，但是申时行这样的内阁辅臣也参与进来的话，必然是会招致朱载坖的打击的。
除此之外，申时行也萌生了去任的想法，申时行在内阁时间不短了，他很清楚，在内阁越久，积怨就越深，应该及早离开才是正道，所以申时行也有放任此事发酵，自己就坡下驴请求致仕的想法。
同时朝廷内部现在斗争也更加激烈了，申时行认为现在朝廷需要一个更加强势的首辅才行，尤其是在可能出现的权力交接这个问题上，更加需要的是强势的首辅才能够稳定住局面，这点是申时行很清楚的。
所以面对这些官员的弹劾，申时行向朱载坖上疏请求致仕，朱载坖照例予以慰问，要求申时行视事，但是这次申时行坚辞不出，请求朱载坖批准致仕，朱载坖于是召申时行到西苑来。
朱载坖在无逸殿召见了申时行，朱载坖问道：“申阁老何以求去？”
申时行坦然说道：“陛下，阁臣重任，久之必遭怨恨，如不早退，诚恐为他人所笑也。”
对于最近朝廷上的这些事情，朱载坖自然是很清楚的，朱载坖也是在有意的放纵此事，浙江官员的跳反，对于朱载坖来说并不是一个坏事，反而是一件好事，原本实力强大的浙直官僚团体分崩离析，对于皇帝来说。这样自然是有很大的好处的。
申时行诚恳的对朱载坖说道：“陛下，臣备位辅臣，已十年有余，现今衰朽，不堪趋使，故而特乞骸骨。伏祈陛下恩准。”
对于申时行的这个要求，朱载坖并非不能同意，甚是担任首辅确实是时间不短的，更易首辅，并非不是不可行的事情，对于朱载坖来说，更易首辅是可行的，但是怎么样保证朝廷在权力交接下的稳定，这点是一个极为重要的事情，所以朱载坖问道：“先生去后，谁可继之？”