格鲁派自然是新兴的教派，在乌斯藏很很多的拥趸，但是噶玛派作为乌斯藏老牌的教派，毕竟在乌斯藏根深蒂固，这点是格鲁派暂时无法撼动的，现在藏传佛教的很多制度，都是噶玛派所创立的。如噶玛拔希圆寂后开始转世制度，开藏传佛教乘愿“转世”的先河。此办法后被各派广泛袭用，并不断完善，形成一套严格的制度。噶玛拔希的转世让迥多吉为藏传佛教的第一位转世活佛，那顶金边黑色僧帽就成为以楚布寺为根本道场的这个转世系统的传承珍宝，楚布寺成为创立藏传佛教转世制度的第一座寺庙。
同时也是最先得到朝廷册封的教派，不管是前元朝廷还是大明太祖、成祖，都曾经册封过噶玛派的活佛，大明也承认噶玛派在乌斯藏的地位，正是因为如此，大明朝廷尽管支持格鲁派，但是并没有因此打击噶玛派的，大明朝廷的目的是很明确的，就是恢复之前格鲁派在乌斯藏的地位，迎回大宝法王，藏巴汗也确保活佛在乌斯藏的安全。
此事对于藏巴汗来说自然是极为头疼的，大明要大宝法王重回乌斯藏，并且要求藏巴汗保证大宝法王的安全，一旦因为教派冲突导致大宝法王出现什么意外，大明就可以以此为由对藏巴汗用兵了，这对于藏巴汗来说是极为不利的，面对罗万化的这个要求，藏巴汗使臣显得极为为难。
罗万化见状，不由得冷笑一声道：“尔主既言一视同仁，为何不能保证大宝法王的安全？还是说尔主所言，俱是虚妄，乃是明欺天朝？”
见罗万化发怒，藏巴汗使臣赶紧解释了此事，一来就是乌斯藏的情况特殊，即便是藏巴汗也无法完全保证大宝法王的安全，因为藏区的各个宗教势力都是极为强大的，尤其是藏区的寺院经济，比之大明要厉害的多，该经济起源于吐蕃王朝时期，王室通过赐予土地、属民及免税特权形成寺院经济雏形。从前元开始，寺院与世俗政权结合建立政教合一制度，通过封赐土地、商业经营、高利贷等方式扩张经济规模。其管理体系分工明确，设“副事”总管经济、“典副”分管银钱等职，势力强大，世俗政权很难与之抗衡。
有了强大的经济作为后盾，这些寺院的实力是很强大的，再加上朝廷实施多封众建的原则，在乌斯藏封授了八大教王，主要政教集团的领袖均得到了与其实力和影响相当的爵职。在本朝，各大教派广泛争取施助、纷纷大兴土木，如格鲁派的甘丹、哲蚌、色拉、扎什伦布四大寺，噶玛噶举派的羊八井寺等，均是规模宏伟、耗费巨大的工程。在以庄园为基础的社会经济持续发展的条件下，虔诚的世俗领主出于种种考量，大力资助寺庙的兴建，人力、物力的支应最终落到农奴的肩上。
而寺院自己有所谓的护法武僧，也就是寺院武装，还可以从信众中招募大量的武装农奴，而且信奉这些教派的庄园主们也不是什么善类，他们自己手中也有武装，这些教派的冲突往往都是武装冲突，即便是藏巴汗也很难制止。
第二点就是帕木竹巴政权虽然衰落，但是毕竟仍旧控制了乌斯藏很多土地，仍旧具有相当的实力，藏巴汗的主要精力都要用于对付帕木竹巴，没有足够的精力和兵力来控制这些教派冲突，所以藏巴汗的使臣请求他们体谅乌斯藏的实际情况。对于这个说法，太子以及在场的重臣们都是不置可否的。