涉及到卫所，自然是军机处的事情了，朱载坖首先就是询问大明现在还有多少军余子弟，朝廷还能够组建多少卫所，这点确实是很重要的事情，领班军机大臣俞咨皋向朱载坖和重臣们奏报了相应的情况，由于朱载坖即位以来，大规模的开疆拓土，迁移卫所，新设卫所，导致现在大明内地的很多卫所尚且没有满编，流民现在也确实不多了，在这种情况下，还要考虑保持内外平衡，所以军机处认为，要想再从抽调军余子弟组建新的卫所这个方式，恐怕是有些困难的。
朱载坖对此就有些犯难了，卫所是朝廷控制一个地方最简单的方式了，设立卫所开始屯田，只需要两代人，大明就可以将这些地方控制起来了，对于朝廷来说，确实是最为方便的措施了。而且这些卫所军余子弟，也是良好的兵源，可以迅速动员起来为大明戍卫边疆，这点是极为重要的。
朱载坖问道：“大明全国的卫所就凑不出数万军余子弟吗？”
这点朱载坖是不相信的，毕竟大明四百多卫所，还是能够抽调出一些军余子弟的，这点俞咨皋自然也是很清楚的，对于朱载坖的要求，俞咨皋也提出了一些建议，第一就是从腹里卫所之中抽调出一些军余子弟和卫所军士，组建新的卫所，镇守新疆，第二就是抽调各个王府的仪卫司，充实新疆。
朱载坖对于再次抽调腹里卫所的士卒还是有一些想法的，此事也遭到了首辅申时行的坚决反对，申时行认为外重内轻，绝不可取，腹里卫所现在才刚刚恢复元气，再大规模抽调士卒和军余子弟的话，会使得腹里卫所的力量再次受到削弱，这点也确实是一个很重要的问题。
但是朱载坖认为，之前一些沿边卫所，现在由于朝廷和北虏的关系比较和睦了之后，可以加以迁移，首先就是山西的卫所，之前山西是朝廷的边防要地，所以卫所的设置也是十分之密集的，仅都司就有三个，山西都司、山西行都司、万全都司，现在这些都司大部分收归山西都司管理，兵源众多，同时山西的土地也不是很多，这对于山西都司来说也确实是一个很现实的问题。
和山西都司情况类似的还有陕西都司和甘肃都司，他们都是之前承担很沉重的边防压力，所以卫所众多，现在边防压力降低，当地的土地又相对贫瘠，朱载坖认为，可以将这些都司的部分卫所整建制的调入新疆，同时抽调其中的军余子弟前往镇守。
除此之外，就是各个王府的仪卫司，朱载坖认为也没有必要在保留这么多的人员了，按照朝廷的定例，仪卫司官阶定为从五品。该机构在亲王就藩时按例配置600名校尉，人员主要从锦衣卫中选拔，朱载坖命令调整仪卫司的建制，降低到一个百户所即可，各个仪卫百户直属于锦衣亲军都指挥使，轮流调换即可，还有之前调拨给王府的所谓护卫，靖难之役后成祖继续削弱藩王军权。至宣德年间，多数亲王护卫被朝廷收回，但是这些护卫卫所改变名称之后留在当地，这些卫所也是可以调发的。