申时行的看法就是不能草率结案，必须要严究此事，对于闽粤的地方势力予以严厉打击，才能够重新在闽粤树立起朝廷的威信，使得朝廷的能够对于闽粤两省予以控制，申时行的这个建议遭到了庞尚鹏的反对，庞尚鹏说道：“朝廷之政，能够行于闽粤，则闽粤即可安定，何必大动干戈，使得地方骚然呢？”
庞尚鹏还指出，闽粤的地方宗族势力，也并非对于朝廷来说是全然无用的，在朝廷扩展缅甸、南洋等地的时候，这些内部凝聚力很强的宗族势力是极有好处的，他们可以帮助朝廷迅速控制这些地方，对于朝廷来说也是有很大优势的，朝廷日后大规模的经略南洋提供帮助，所以不能够对于这些宗族势力过分打击，朝廷所需要的只是能够将朝廷的各种政策在闽粤加以实施即可，对于闽粤的地方风俗，不必过多的干涉。
庞尚鹏的这个建议遭到了申时行等人的反对，申时行认为这次必须要对于闽粤的地方宗族势力予以严厉打击，才能够树立朝廷在闽粤的威信，同时这些宗族势力的存在始终会影响朝廷对于地方的行政，所以必须要严厉予以打击，沈鲤则是认为过犹不及，不必急于一时，罗万化也认为此事不必过分追究，王家屏则是没有发表什么意见。
太子听了重臣们的意见之后，宣布将这些意见请求圣裁，太子来到西苑，向朱载坖陈奏了相关的事项，现在内阁和部院为了此事争执的极为厉害，到底应该怎么办，还是要朱载坖这个皇帝来圣裁的，朱载坖于是问道：“那太子以为呢？”
太子说道：“父皇，儿臣以为元辅和大司徒所言都还是有些道理的，闽粤的宗族势力之前过于强大，现在确实是应该予以裁抑，元辅所言，虽然有些矫枉过正，但是并无不可，而大司徒所言，除了为了桑梓地方，还是为了朝廷的稳定着想，大动干戈，必然影响朝廷的赋税，这点也是要考虑的。”
朱载坖于是问道：“那太子准备如何做呢？”
这点确实很重要的问题，对于朝廷来说，现在应该怎么办才是最重要的问题，太子也就此事提出了自己的看法，对于现在所出现的这种情况，朱纨案肯定还是要继续追查下去的，对于闽粤强大的地方宗族势力和武装走私团伙，朝廷必须予以严厉打击，同时对于闽粤地方也要加强震慑。
从朝廷向闽粤两省派遣御史以来，大量的闽粤地方官员因为和这些地方势力相勾结而被御史所弹劾，在查实之后被移送法司审断，但是朝廷还没有大规模的清理这些所谓的地方宗族势力，对于闽粤的地方宗族势力，必须要挑选出几个大的和性质恶劣的予以打击，才能够彰显朝廷的力量，推动朝廷的各项政策落地。