同时除了卫所之外，朝廷也在西北各省份招募百姓，到西域去屯垦，尤其是在乌鲁木齐附近，但是朝廷的这厢政策遭到了西北地方官府的强烈反对，西北各省地方官府在这件事情上都显得极为不配合，朱载坖当然知道他们不配合的主要原因，因为现在对于地方正印官来说，朝廷考成的要点就在于钱粮和稳定两项大事上，不管是田赋、徭役折色还是工商赋税等，都是朝廷的正项钱粮，在保证地方稳定的前提下，钱粮的征收对于地方正印的前途来说是极为重要的，这是关乎地方正印官乌纱的事情，他们肯定是很重视的。
而人口是和赋税紧密相关的，一旦大量人口被迁移到西域去，西北各省的人口本就不多，这样这些地方的赋税就更加难以完成了，所以从地方州县正印的角度来说，他们肯定是不愿意朝廷向自己辖区的百姓迁移到西域去的，这这点上他们态度是很坚决了，朱载坖命令吏部和户部制定相关政策，让这些地方能够配合朝廷完成相关的事宜。
而除此之外，更加重要的事情就是西域驿道等的建设，在兵站都司设立之后，朝廷从嘉峪关向哈密补给的能力得到加强，但是从哈密到庭州、交河等地的道路由于年久失修，现在还是很难运输，朱载坖已经命令开始修复这些道路，保障官军的后勤，同时经由蒙古的驿道也在建设之中，日后从京师走北线直接经由蒙古就可以抵达轮台了。
但是这并不是现在大明在西域的困难之处，对于大明来说，在西域最重要的就是怎么扎下根来，这点是非常之重要的，除了屯垦戍边之外，城池的营建也是非常之重要的，但是据吴兑等人的奏报，西域的城池大多已经残破，或者由于水源的减少，已经不再适宜居住了，朝廷必须重新择地修建城池才行。
很典型的就是交河，这里是车师故地，按汉书记载：“车师前国，王治交河城。河水分流绕城下，故号交河。去长安八千一百五十里，户七百，口六千五十，胜兵千八百六十五人，西南至都护治所千八百七里。”在南北朝和唐朝达到鼎盛。后来交河被吐蕃人攻陷，随后就逐渐衰落了，由于战略位置重要，连年战火，交河城逐渐衰落。元末察合台时期，吐鲁番一带连年战火。交河城毁损严重，已经人口不多了。
当年蒙古海都等叛军经过多年的残酷战争，先后攻破高昌，交河。同时蒙古统治者还强迫当地居民放弃传统的佛教信仰改信伊斯兰教。使得交河的人口更加少，再加上蒙古西征后，丝路北道衰落，交河城因水源减少逐渐失去战略价值。
现在雅尔乃孜沟河流改道，使得交河更加不利于居住，吴兑请求另行选择地方，建立交河城，这也是现在西域的情况，尽管大明收复了汉唐故地，但是由于种种原因都需要重新建设城池等，对于朝廷来说无疑是一笔不小的负担，户部对此已经是极为不满了。