大理寺卿孙丕扬就上疏称：“渠堰未通，科征如故。民日疲而徭日倍，地益削而赋日加，以百五十里之地而达官贵人以千计。乃一人耕而食数人。人引水灌田，修渠垒坝，煞费工本，己嚣然丧其乐生之心。矧起科太重，征求无己，较诸他省之粮差更未有烦重于此者，尚可以修屯政乎？甚矣！”
对于西北的现实情况，朱载坖也是要做一些准备的，朱载坖首先命令陕西、甘肃、宁夏、山西等布政使司以及下辖各州县，首先查照自己辖区的水利设施状况和灌溉面积，还有就是这些水利设施的利用情况，都是朝廷要了解的情况的。而对于西北的水利和田土情况，最主要的就是军屯与民田之间的争端，还有就是卫所军官对于水利资源的垄断，这些都是西北最大的矛盾。
西北由于边防压力沉重，朝廷在西北设立了众多的卫所，用于防备北虏、西番，而在设立这些卫所的时候，由于当时的地方人烟稀少，百姓逃亡，所以这些地方的好田都被卫所占有耕种了，这就导致在西北很多时候膏腴之土，尽属卫所，而百姓所有，皆是薄田的情况，就此事，卫所士卒和百姓，都司卫所和地方官府之间的矛盾是很深的。
这点朱载坖是很清楚的，除此之外就是卫所军官们对于水的垄断，这些在官员们的奏疏中是很明显的，官员在奏疏中经常弹劾这些卫所军官们：“广买庄田，私役屯军，改挑渠道，专擅水利。又纵下人占种膏腴屯田，是致军士怨嗟，兵政废弛。”
同时这些卫所军官们利用职权，将有利于浇灌的土地变为自己的庄田，同时控制河道，使得朝廷的军屯和百姓的土地得不到浇灌，最后的结果就是大量的军屯和百姓土地由于得不到浇灌而没有收成，而朝廷的赋税确实实实在在存在的，在这种情况之下，屯军百姓的大量逃亡也是不足为奇了。
所以孙丕扬等人上疏称：“甘肃孤悬，无飞挽之利，无市籴之便，屯田为急。如庄浪之属郎堡、通远驿，永昌水磨川，甘州之左卫迤西，镇东之东南诸湖，肃州之临水等堡，兰州之东西二川。沃壤丘垄现存，河渠故道犹在。申饬镇巡，责成属官，务兴屯利。葺墩塞以居，通渠坝以灌。召富家商贾，以垦为己业。并不许军屯攀扯，官府搜求。庶甘肃之屯利大兴。”
他们认为要重振河西的农业，重点还是要排除卫所的干扰才行，他们主张实施商屯，而不是恢复军屯。