军事领域，马超为了能保障疆土安全，拒敌于国门之外，他也推行了一系列大变革。
联邦政府保留陆军五个整编师团，约六万人兵力，他们装备精良、训练有素，主要负责对外作战任务，是国家抵御外敌入侵的坚实盾牌；
海军拥有大西洋舰队、太平洋舰队、远洋舰队，六万人的强大阵容，不仅守护着国家漫长的海疆，还承担着维护国家海外利益的重任。
各州府可根据自身安全需求，自行筹建团一级的军队，总兵力不超过两千人。
这些州府军队主要负责国土防御、平息叛乱、灾害救援等任务。
县府虽不得豢养军队，但可组建营一级的武装民团，总兵力不超过五百人。
民团只能装备小口径迫击炮，他们会与警察紧密配合，维护地方的治安稳定，是保障社会秩序的武装力量。
联邦政府的军队被称为汉军，州府军队被称为宋军，县府民团被称为武警，三支武装力量互不统属，各自对所属政府负责，但却都只会效忠于宪法。
马超这种独特的军事体系设计，既保证了国土安全，又降低了军队参与国内争斗的概率。
只有在国家遭受外敌入侵，政府获得联邦参议会和众议院授权，三支互不统属的武装力量，才会接受国防部的统一指挥。
马超与朱媺娖深知，要想攻破坚固的堡垒，外力并非唯一途径，由内部瓦解往往会更具杀伤力。
他们基于这一认知，才会对瀛洲国的财政、军事、官僚体系进行了彻底分解。
财政上的分税制度，切断了权力集中的经济基础；军事力量的互不统属，消除了军国独裁的可能性；官僚体系的选拔与制衡，使权力不敢肆意妄为。
瀛洲国宪法中明确规定，在遭遇不可抗拒的天灾、瘟疫、乱政、暴动等特殊情况时，各州都拥有独立的自由选择权力，且军队不得参与国内的政治争斗。
这一系列的变革，不但为瀛洲国的长治久安和民主发展，提供了坚实的制度基石，也为世界各国的政治发展提供了借鉴范例。
在瀛洲国的政治舞台上，朱媺娖与马超的理念碰撞，构建起了一个前所未有的新政体系，创造出了一批极具应用价值的新词汇，例如：
警察局、派出所、武警、经济、金融、财会、科学、工业、逻辑、医学等新词汇，竟然多达一千二百余个。
以其精准的语义与丰富的内涵，深刻诠释了新思想与新文化的应用价值 。
他们颁布实施的一些列新政制度，也成了人们茶余饭后的热门话题，促使更多的人参与到国家建设中。
朱媺娖在众议院演讲时，首次提出了政府破产假说，让所有人的思想都豁然开朗，意识到国家在遭遇到财政困顿时，并不只有强征爆敛一条路可以走。
“当政府财政陷入困顿，难以通过借债来维持运行时，我们不妨换个思路，可以有选择的解散部分政府机构。
《道德经》中有云，‘我无为而民自化，我好静而民自正；我无事而民自富，我无欲而民自朴。’这其中蕴含着深刻的治国理政智慧。