万历二十九年，皇长子朱常洛在历经十五年的波折后，终于被册立为皇太子，“国本之争”在形式上落下了帷幕。然而，这场旷日持久的政治消耗战，早已彻底磨灭了万历皇帝朱翊钧对朝政的最后一丝热情与责任感。当文官集团以集体意志迫使皇帝在立储问题上屈服后，一种深刻的挫败感、厌倦感以及无声的报复心理，驱使这位曾经在张居正严格管教下也曾勤勉学习的君主，走向了前所未有的长期怠政。
皇帝的“怠政”，并非一蹴而就，而是在“国本之争”的后期便已初现端倪，并在争国本结束后，成为一种常态化的统治模式。其表现是多方面的，且对帝国肌体的侵蚀是系统性的。
最显著的特征，便是皇帝不再临朝听政。除了万历四十三年因“梃击案”（有人持木棍闯入东宫击伤太子内侍）而被迫召见群臣一次之外，万历皇帝创造了中国历史上皇帝不朝时间最长的记录。庄严的皇极殿（奉天殿）御座常年空置，曾经象征帝国最高权力运行的常朝、午朝、经筵日讲等制度，几乎全部废止。皇帝将自己幽闭于深宫之内，与外廷的文武百官形成了物理和精神上的双重隔绝。
与不朝相伴随的，是奏疏的“留中不发”。各地、各部院呈报的题本、奏本，如同石沉大海，送达通政司，转呈司礼监，最终堆积在皇帝的寝宫——乾清宫（后期更多在启祥宫）的某个角落，往往再无下文。无论是关乎边疆安危的军情急报，还是涉及水旱灾荒的赈济请求，抑或是官员的任免升黜，大多得不到皇帝的批示（批红）。帝国的中枢决策机制，陷入了半瘫痪状态。没有皇帝的朱笔批红，许多重大政务便无法合法推行，行政效率低至冰点。
官员空缺的现象也达到了惊人的程度。由于官员的任免、考课需要皇帝最终裁定，而皇帝对此漠不关心，导致中央各部院、地方各省府的官员职位大量空缺。都御史（监察机构首长）、侍郎（各部副长官）、科道言官等职位，常年缺员不补。最严重时，内阁一度只剩叶向高一人，被称为“独相”；六部中，户部、刑部、工部等多名侍郎职位空缺，地方总督、巡抚、布政使、按察使等封疆大吏亦多有缺失。整个官僚体系因为缺乏必要的官员运作而近乎停摆，政务堆积，吏治加速腐败。
万历皇帝为何如此怠政？其原因复杂而深刻。
其一，是“国本之争”带来的巨大心理创伤。皇帝深感自己作为天子的权威被文官集团以“礼法”为名无情地挑战和束缚，其个人意志无法得到贯彻。这种极度的挫败感，使他对外廷的官员产生了深深的不信任和厌恶，索性采取“非暴力不合作”的态度，以怠政作为无声的抗议和报复。