1926 年 1 月，“东南五省军-事整编办公室” 在金陵成立，由第 1 装甲师师长赵刚任主任，制定了 “三阶段整编计划”：
第一阶段：分类筛查，去芜存菁
整编办公室首先对 2.1 万残部进行全面筛查：通过户籍核查、同乡佐证等方式，剔除 120 名曾参与军阀屠杀百姓、搜刮民财的 “劣迹军-官”，将其移交军-事法庭审判；对 3800 名年龄超 45 岁、身体残疾或家中有老弱需赡养的士兵，发放 3 个月军饷（折合银圆 15 块）与 1 匹棉布作为安家费，允许其返乡务农；剩余 1.7 万余名士兵，根据体能测试（负重行军 10 公里、俯卧撑 50 次）与文化考核（识千字、写家书），分为 “战斗序列” 与 “后勤序列”—— 前者编入新华军第 19、20 步兵师，后者分配至军-工、运输、医疗等后勤部门。
在苏州整编营地，22 岁的原东南军士兵王二牛，在体能测试中因脚伤落后，本以为会被遣返，却被分配到金陵军械库负责武器维护。“长官说我虽跑不快，但会修农具，肯定也能修枪支。” 王二牛捧着新发的军-装，激动得彻夜难眠，“以前在孙馨远手下，半年没发过军饷，现在不仅管饭，每月还有 5 块银圆，比在家种地强多了！”
第二阶段：改造思想，重塑信仰
针对残部士兵 “当兵只为谋生” 的观念，整编办公室开展为期 1 个月的 “思想教育周”：每天上午组织军-事训练，下午开设 “新华军宗旨课”，由经历过鄂省、晋省战役的老兵讲述 “新华军为百姓打仗” 的故事；晚上播放露天电影，放映《豫省救灾》《甘省修渠》等纪录片，让士兵们亲眼看到新华军在统治区的民生举措。
在杭城整编营地，原东南军连长周世昌曾因克扣士兵军饷被举报，思想教育期间，他被安排参与杭城城墙修复工程，与百姓同吃同住。当看到新华军士兵主动帮老人挑水、给孩子补习功课，周世昌羞愧地说：“以前总觉得当兵就是当官的工具，现在才明白，好军队是要为百姓做事的。” 教育结束后，87% 的士兵主动写下 “参-军-志-愿-书”，承诺 “服从新华军的所有纪律，保卫青国的安全”。
第三阶段：装备更新，战术升级
为提升整编部队战斗力，新华军从江城兵工厂调拨 1.2 万支 QB-25 半自动步枪、500 挺 TJ-25 通用机枪，替换残部原有的汉阳造、老毛瑟等老旧武器；同时，在金陵、豫章、闽都设立 3 个 “战术训练基地”，由汉斯帝国军-事顾问与新华军资深教官联合授课，教授 “步坦协同”“巷战攻坚” 等现代化战术。
1926 年 3 月，整编后的第 19 步兵师在金陵郊外举行军-事演习，3000 名士兵与 20 辆 “25-XT”中型坦克协同推进，仅用 40 分钟便突破模拟敌军防线。观摩演习的代英帝国领事惊叹：“这支曾被视为‘乌合之众’的部队，如今已具备不弱于欧罗巴军队的战术素养。”
战乱期间，东南五省有 42 万百姓被迫逃离家园，仅在沪都租界、金陵难民所等地，就聚集着 15 万无家可归的难民。“让百姓有饭吃、有房住、有地种”，成为战后重建的核心目标。
1. 粮食救济：解燃眉之急
1926 年 1 月，新华军从华中、华北调拨 5000 吨粮食，在东南五省设立 120 个 “临时救济站”。每个救济站配备 3 名粮食管理员与 2 名医生，按 “每人每天 1 斤大米、2 两杂粮” 的标准发放救济粮，同时为老弱病残提供免费医疗。