第三，热量管理与长期运行。
尽管能量提取过程本身几乎不产生熵增（因为它源于时空结构的变化，而非传统燃烧或核反应），但维持引擎核心超导状态所需的极低温环境，以及能量转换过程中不可避免的微小损耗，依然会产生热量。如何在一个近乎封闭的系统中，实现热量的绝对最小化和有效管理，确保引擎能够数十年如一日地稳定运行，是另一个严峻考验。
叶辰再次展现了他在“火种”系统辅助下，解决复杂系统性问题的超凡能力。他没有拘泥于传统的工程迭代思路，而是提出了一个**仿生学与拓扑优化结合**的全新设计理念。
“不要想着去‘建造’一个巨大的谐振腔，”他在项目会议上指出，“想想珊瑚礁。它不是一块巨石，而是由无数微小的珊瑚虫协同构建的、具有复杂孔隙结构的整体。我们的‘永恒’引擎，也应该是一个模块化的、由亿万个人工‘时空珊瑚虫’（即微型化、标准化的谐振单元）自组织而成的智能结构。”
在这一理念指导下，项目组放弃了整体雕刻巨大腔体的方案，转而研发一种标准化的、米粒大小的基础能量单元（EEU）。每个EEU内部都集成了完整的纳米“钥匙”结构、超导线圈和微型传感器。然后，利用先进的3D生物打印和纳米自组装技术，让这些EEU像细胞一样，按照伏羲计算出的最优拓扑结构，“生长”成一个巨大的、内部结构极其复杂的球形核心——“真空之心”。
与此同时，另一组团队负责开发包裹“真空之心”的多层嵌套式超导能量捕获线圈，以及一套基于液态氦循环和相变材料结合的极致被动冷却系统，最大限度地减少外部能源输入。
整个制造过程持续了将近一年。当最后一个EEU被精准地嵌入预定位置，当最后一道超导焊缝在绝对零度附近完成，当复杂的冷却管路和能量输出接口全部就位后，人类历史上第一台“永恒”引擎原型机——一个直径约十米、表面光滑如镜、散发着幽幽蓝光的巨大金属球体——静静地悬浮在测试舱室的中央，等待着它的第一次心跳。