长安城头的烽烟渐渐散去，晋字赤旗取代了秦字旌旗，在秋风中猎猎作响。未央宫前受降的肃穆场景犹在眼前，克复两都的不世之功已震动华夏。刘裕的声望，确如日中天，达到了个人生涯的顶峰。他端坐于昔日姚秦的皇宫大殿，接受着麾下将领、关中耆老以及陆续前来归附的各地豪强的朝拜祝贺。
然而，在这无比辉煌的时刻，刘裕的脸上却看不到多少志得意满的笑容。他的眉头反而比攻城之时锁得更紧，目光扫过殿中欢庆的众人，深处却是一片冰冷的清醒与凝重。只有真正坐在这长安皇宫的宝座上，他才无比真切地感受到，自己接手的是一个何等巨大的烂摊子，而自己又正身处何等险恶的战略困境之中。
刘裕是出色的政治家，深知“马上得天下，不能马上治之”的道理。入城之初，他便雷厉风行地推行了一系列收揽人心的举措：
严明军纪： 继续严格执行禁令，对任何敢于劫掠、骚扰百姓的士卒，无论战功高低，一律军法从事，迅速稳定了城内秩序。
开仓赈饥： 立即打开后秦府库和官仓，设立粥棚，优先救济那些饿得奄奄一息的平民百姓。这一举动，比任何言辞都更能赢得关中民心。
录用贤才： 下令各军注意寻访和保护关中地区的汉族士人、儒生，表示将量才录用，恢复礼制，重建秩序。这安抚了士人之心。
抚恤降众： 对投降的后秦官员和将领，原则上予以宽恕，愿意留下的量才任用，愿意回乡的给予路费。对投降的士卒，则择优补充入军，其余酌情遣散。
这些措施迅速发挥了作用，长安城及周边地区初步稳定下来，百姓对这位新的征服者，从恐惧逐渐转为观望，甚至产生了一丝微弱的希望。
然而，表面的稳定之下，是触目惊心的战争创伤。长安城内，十室九空，饿殍遍野，民生凋敝到了极点。田野荒芜，水利失修，商业断绝。要恢复关中的生机，需要投入海量的资源、时间和精力。
而刘裕最缺乏的，恰恰就是资源、时间和稳定的环境。他很快就发现自己陷入了前所未有的战略困境，其凶险程度，甚至超过了面对长安坚城之时：
兵力极度分散： 北府军总兵力虽众，但摊子铺得太大。一部分由王镇恶、沈田子等率领，留守长安及控制关中要点；一部分由朱龄石等人率领，在西北方向防御赫连勃勃的大夏；一部分由檀道济等人率领，在东部潼关、蒲阪一带布防，警戒北魏；还有相当一部分兵力，需要分散到漫长的后勤线上，保护那些脆弱的粮道。真正能在刘裕直接指挥下，作为机动力量的部队，已然不多。兵力捉襟见肘，任何一个方向出现危机，都难以迅速抽调援军。